Beberapa kegiatan Program MFCDP akan dilaksanakan di tingkat pusat dan di tingkat daerah. Kegiatan di tingkat pusat akan dilaksanakan oleh Sekretariat Program MFCDP yang didukung oleh Konsultan Manajemen ingkat Pusat atau National Management Consultant (NMC), Sedangkan pelaksanaan kegiatan di daerah akan dilaksanakan oleh Lembaga Fasilitator Kabupaten (LF-Kab) di masing-masing daerah. Didalam pelaksanaanya, LF-Kab akan berkoordinasi secara rutin dengan NMC.

Kegiatan di tingkat Pusat terdiri dari Workshop dan Sosialisasi Nasional, TOT bagi fasilitator tingkat kabupaten dan kawasan, supervisi daerah, penyusunan studi kasus, penyusunan buku best practices, verifikasi Bantuan Langsung Masyarakat (BLM), monitoring dan evaluasi dan penyusunan laporan khusus tentang terjadinya kecurangan dan penyelewengan dana program. Di dalam implementasi kegiatan, NMC akan selalu berkoordinasi dengan sekretariat program dan Kelompok Kerja (Pokja) Nasional, yang telah dibentuk oleh Bappenas. Anggota Pokja Nasional terdiri dari para birokrat dari Kantor Menteri PPN/ Bappenas dan departemen terkait (Departemen Kelautan dan Perikanan, Departemen Keuangan dan Departemen Dalam Negeri) dengan total anggota 19 orang yang terdiri dari Tim Pengarah dan Tim Pelaksana.